D-Lib Magazine : numéro spécial sur l’archivage du web et son utilisation par les chercheurs

D-Lib Magazine est un journal en ligne spécialisé sur les recherches liées aux bibliothèques numériques. Le numéro de mars-avril 2012 porte sur l’archivage du web et l’exploitation de ce nouveau type d’archives par les chercheurs.

Les articles sont en accès libre : http://www.dlib.org/dlib/march12/03contents.html

Judith Hannoun

Documentaliste - responsable du fonds Pacifique à la Maison Asie Pacifique et au CREDO

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Reproductibilité de la recherche

binary Le fait de pouvoir reproduire des résultats de recherche, dans des contextes similaires ou différents de ceux de leur production initiale, grâce à l’accessibilité des données et des codes informatiques qui ont permis l’analyse de ces  données et mené à ces résultats, c’est ce dont traite cet article paru dans Science:

Roger D. Peng (Johns Hopkins University) « Reproducible Research in Computational Science », Science, Dec 2011: http://www.runmycode.org/data/MetaSite/upload/Science_Peng_2011.pdf.

« The standard of reproducibility calls for the data and the computer code used to analyze the data be made available to others« .

Entre une reproductibilité totale (automatiser la reproduction d’une analyse scientifique) ou au contraire impossible, il existe toute sortes de reproductibilités qui dépendent de cet accès, ou pas, aux données de la recherche et à leurs codes.

« The reproducibility standard is based on the fact that every computational experiment has, in theory, a detailed log of every action taken by the computer. Making these computer codes available to others provides a level of detail regarding the analysis that is greater than the analagous noncomputational experimental descriptions printed in journals using a natural language ».

L’accès aux articles de revues ou autres publications va en effet de soi, mais comment avoir accès à ces codes informatiques et aux formats de stockage des données alors qu’ils ne sont pas toujours open source ou que les codes ne sont tout simplement pas conservés? C’est ainsi qu’une revue comme « Biostatistics » (qui publie des articles dans le domaine des méthodes biostatistiques, de l’épidémiologie ou de la génomique) incite ses auteurs à proposer les codes en plus de la publication elle-même. Mais cette initiative ne reflète pas la majorité des pratiques de recherche pour lesquelles les codes ne sont pas accessibles.

Dans cet article, l’auteur propose donc d’utiliser de façon systématique des réservoirs qui existent déjà pour déposer les codes, comme GitHub (http://github.com) ou SourceForge (http://sourceforge.net), mais surtout, il propose que se développe le fait de lier des données, des métadonnées et le code informatique aux publications scientifiques, et ce quelques soient les disciplines.

Crédits photographiques: Binary par xfce


Création d’une collection sur Library Thing pour préparer les Frédoc 2013

Pour préparer les Frédoc 2013 sur les archives de la recherche, le comité de pilotage a créé une collection sur Library Thing. Il s’enrichira au fil de nos lectures. N’hésitez pas à nous signaler tout ouvrage susceptible de nous aider dans notre entreprise sur le profil « Frédoc » de Library Thing : http://www.librarything.fr/home/FREDOC