29 mai 2012 : une journée sur les « Données de la recherche, enjeux, perspectives, politique(s) »

Le sujet choisi par les FREDOC 2013 est visiblement au coeur des questionnements des institutions de recherche puisque le 29 mai prochain, l’INIST – à la demande de la DIST -organise une journée-atelier sur le thème « Données de la Recherche : enjeux, perspectives, politique(s) » avec le soutien du ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche et en partenariat avec l’Inra, l’Inserm et l’Ird. Le programme n’est pas encore en ligne mais le texte de présentation indique que la journée a pour objectif  de « présenter quelques réalisations et réflexions sur le problème des données de recherche à l’échelle internationale et européenne ». Il indique également qu’elle sera l’occasion de lancer un nouveau site d’information sur les données de la recherche, animé par l’Inist – Cnrs. A suivre donc…

Lieu :  CNRS Campus Gérard Mégie – 3, rue Michel-Ange Paris 16e

Date : 19 mai 2012

Inscription : gratuite, mais obligatoire à communication@inist.fr

 

Crédits photographiques : Natthawut Kulnirundorn, Bangkok, Thailand – CC:Attribution-ShareAlike

Une chimiothèque nationale pour valoriser la production scientifique en chimie

 

Une chimiothèque nationale est chargée depuis 2003 de regrouper des composés chimiques issus de laboratoires publics français.  Promouvoir la valorisation scientifique et industrielle de ses collections de produits de synthèse, telle est sa mission ainsi que celle de l’unité chargée de sa gestion (UPS3035).

Elle rassemble 33 UMR issues de partenariat entre 36 universités ou EPST et offre plus de 40 000 substances… Elle est à l’origine de près de 140 projets de collaboration entre équipes de chimistes et de biologistes.

Crédit photographique : Horia Varlan on Flickr  – licence cc by

Qui parle archives dans les carnets d’hypothèses ?

Pour la préparation des Frédoc 2013, nous souhaitons nous rapprocher de tous ceux qui, dans toutes les disciplines, se préoccupent des archives scientifiques. Pour les sciences humaines et sociales, explorer les Carnets sur la plateforme Hypotheses.org peut être un bon moyen de connaître différents projets, usages, pratiques autour des archives et d’échanger avec eux. Nous n’avons sans doute pas repéré tous les Carnets du domaine et d’autres vont se créer, nous les ajouterons au fur et à mesure que vous nous les signalerez : merci de vos commentaires !

L’atelier de sémiotique audiovisuelle décrit l’environnement de travail développé par l’ESCoM (Equipe Sémiotique Cognitive et Nouveaux Médias, Fondation Maison des Sciences de l’Homme) dans le cadre du projet ASA-SHS (Atelier Sémiotique Audiovisuel pour les Sciences Humaines et Sociales). La question des archives audiovisuelles est régulièrement abordée.

ArchiSHS à pour objectif de présenter, diffuser et discuter des réflexions et travaux du Réseau thématique pluridisciplinaire portant sur les Archives scientifiques des Sciences humaines et sociales (RTP).

Archives19 s’intéresse à l’archive au 19e siècle, à son imaginaire et à sa pratique (reconnaissance institutionnelle, conservation, classement).  Il met en relation et alimente les recherches de dix-neuviémistes de différentes disciplines et institutions et accompagne des séminaires trimestriels organisés à l’Université Paris Diderot.

Dans le carnet Les archives de la FMSH, les archivistes de la Fondation de la maison des sciences de l’homme partagent le regard qu’ils portent sur un fonds atypique dans le processus de mise en archive et ses enjeux.

La Bibliothèque de recherches africaines (BRA) se propose, sur ses carnets, de publier l’ensemble des Cahiers de Terrain de Raymond Mauny, rédigés entre 1942 et 1962 par cet ethnologue, qui sera ensuite professeur d’histoire africaine à la Sorbonne de 1962 à 1977.

Cinémarchives est le carnet de l’ANR du même nom (décembre 2007 – décembre 2010). Le projet est d’explorer es fonds d’archives Triangle (USA circa 1909-1935), Max Douy, Serge Pimenoff et le carnet a continué après la fin de l’ANR.

Le carnet du Centre de recherche du château de Versailles est consacré à l’étude de la vie de cour en France et en Europe du XVIe au XIXe siècle.

Les carnets de la phonothèque de la Maison méditerranéenne des sciences de l’homme (MMSH) racontent et donnent à entendre les collections sonores qui sont engrangées à la MMSH. Le carnet est collectif  et  tous ceux qui s’intéressent aux questions d’archives scientifiques sonores et audiovisuelles, de leur collecte à leur valorisation, sont invités à s’exprimer.

Les carnets de l’Inventaire présentent les travaux et de l’actualité du service de l’Inventaire général du patrimoine culturel en région Rhône-Alpes.

Le projet sur Jean-Baptiste d’Anville (1697-1782), inscrit au programme de recherches triennal de la Bibliothèque nationale de France (2010-2012), doit aboutir à la rédaction d’une monographie collective, ainsi qu’à la création d’un site internet où seront accessibles ses cartes, archives et manuscrits numérisés tant à la BnF)que dans d’autres institutions.

Le Parlement de Paris témoigne d’un travail de recherche “à archive ouverte”.

Doc et Patrimoine DRAC Alsace souhaite créer un réseau de structures partenaires possédant des sources non publiées et ayant des problématiques communes relatives à leur conservation, leur classement et leur indexation.

Les carnets de e-corpus présentent es actualités de la bibliothèque numérique collective et patrimoniale de E-corpus qui répertorie et diffuse de multiples documents : manuscrits, archives, livres, journaux, estampes, enregistrements sonores, vidéo,…

Le document sonore a pour objectif de soulever différentes problématiques scientifiques et techniques posées par le travail sur le document sonore : catalogage, encodage, outils de traitement informatique, diffusion en ligne, archivage.

Garden s’intéresse aux sources d’archives disponibles dans les dépôts et les institutions publiques belges permettant de réaliser des études en histoire environnementale.

Plaques de verre de géographes présente la collection de plaques de verre de l’UMR Prodig et offre un espace d’échanges et de réflexions méthodologiques autour d’archives iconographiques spécifiques susceptibles de renseigner sur les pratiques des géographes dans la première moitié du 20e siècle.

« Plozévet en quête d’enquête » ou Plozarch permet de suivre le déroulement d’une recherche-action mise en oeuvre avec les Plozévétiens. Partant des données produites dans les années soixante lors de l’Action concertée de Plozévet (1961-1965), elle entend les compléter, les actualiser, éventuellement les corriger.

Billet rédigé en collaboration avec Caroline Abela – ADES.

Crédits photographiques : Roxie Collie S. Laybourne (1912-2003), identifying bird feathers (1944). Smithsonian Institution Archives. Pas de restrictions de droit connues.

Séminaire Métadonnées

Le 8 mars 2012 s’est tenue à l’Ecole Nationale des Sciences Géographiques (ENSG), la 5ème séance du séminaire Belgrand, séminaire consacré à l’ingénierie des bases de données. Elle avait pour thème « Archivage et moissonnage, deux mamelles de la recherche en réseau : avec quelles métadonnées ? ». Belgrand est un projet visant à créer un réseau scientifique autour de l’ingénierie des données pour la ville et la mobilité il est porté par l’IFSTTAR, l’IRSTV, le Lab’Urba et l’IGN. Trois équipements ont été présentés au cours du séminaire.

Le premier est Dataverse, un outil logiciel créé à Harvard dont Olivier Bonin et Jean-Paul Hubert ont présenté la mise en œuvre en ce moment à l’IFSTTAR. Comme RunMyCode (cf. précédent billet), Dataverse vise la reproductibilité de résultats de recherche en rendant accessibles les données utilisées pour produire ces résultats qui ont donné lieu à des publications. Les jeux de données sont archivés, mis en ligne et indexés. Ils sont considérés comme des publications scientifiques: Dataverse standardise la citation des jeux de données en générant automatiquement une référence avec un identifiant.

Etienne Taffoureau, du BRGM, a présenté Géocatalogue, le catalogue et moteur de recherche du Géoportail, qui « inventorie et restitue les différentes sources d’informations géographiques publiques ». Le Géocatalogue assure en effet le référencement et la diffusion de données publiques en appliquant la directive INSPIRE et en suivant les normes d’interopérabilité de l’ISO et de l’OGC (Open Geospatial Consortium). Il ne concerne pas le stockage des données qui reste assuré par leurs producteurs.

Enfin Stéphane Pouyllau a présenté le TGE Adonis, Très Grand Equipement du CNRS pour l’Accès unifié aux données et documents numériques des sciences humaines et sociales et plus particulièrement la plate-forme de recherche Isidore. A travers sa présentation il a surtout souligné les enjeux autour de l’accès aux données numériques de la recherche en open access: l’archivage et sa pérennité, les formats de données, les services mis en place, le stockage et les métadonnées. Pour ces dernières il a insisté sur la qualité des métadonnées nécessaire au bon fonctionnement du web de données, c’est-à-dire sur leur structuration et leur documentation et aussi sur l’interopérabilité des outils.

L’ensemble des présentations est en ligne: http://belgrand-gebd.ifsttar.fr/seminaire/5eme-seance-080312/

D-Lib Magazine : numéro spécial sur l’archivage du web et son utilisation par les chercheurs

D-Lib Magazine est un journal en ligne spécialisé sur les recherches liées aux bibliothèques numériques. Le numéro de mars-avril 2012 porte sur l’archivage du web et l’exploitation de ce nouveau type d’archives par les chercheurs.

Les articles sont en accès libre : http://www.dlib.org/dlib/march12/03contents.html

Judith Hannoun

Documentaliste - responsable du fonds Pacifique à la Maison Asie Pacifique et au CREDO

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Le service RunMyCode

Science Express 115RunMyCode est un webservice (version beta) qui permet au chercheur d’associer à sa publication scientifique un « site web compagnon » afin de partager avec d’autres la méthodologie présentée dans l’article et pouvoir ainsi la reproduire. RunMyCode permet en effet, via un navigateur web, l’exécution des codes informatiques associés à une publication, en utilisant ses propres données et en définissant ses propres valeurs de paramètres.

Il s’agit pour le chercheur, non seulement de fournir des informations sur sa publication (titre, auteur, texte de la publication) mais aussi les codes informatiques et exécutables utilisés pour produire les résultats présentés dans la publication.

Ainsi, il est possible de réutiliser une méthodologie pour appliquer un traitement de données ou calcul, similaire à celui utilisé pour une publication d’origine, mais en le faisant cette fois porter sur de nouvelles données. De la même manière, il est donc également possible de répliquer ou reproduire un résultat scientifique pour en vérifier la validité.

Financé par des organismes de recherche et universités (CNRS-TGE Adonis, HEC Paris, Université d’Orléans), RunMyCode est gratuit et couvre pour l’instant les domaines de recherche relatifs à l’économie ou aux science de gestion (économétrie, économie de la santé, macroéconomie, etc.).

En savoir plus:

Crédits photographiques: Science Express 115 par Blogging Dagger

Reproductibilité de la recherche

binary Le fait de pouvoir reproduire des résultats de recherche, dans des contextes similaires ou différents de ceux de leur production initiale, grâce à l’accessibilité des données et des codes informatiques qui ont permis l’analyse de ces  données et mené à ces résultats, c’est ce dont traite cet article paru dans Science:

Roger D. Peng (Johns Hopkins University) « Reproducible Research in Computational Science », Science, Dec 2011: http://www.runmycode.org/data/MetaSite/upload/Science_Peng_2011.pdf.

« The standard of reproducibility calls for the data and the computer code used to analyze the data be made available to others« .

Entre une reproductibilité totale (automatiser la reproduction d’une analyse scientifique) ou au contraire impossible, il existe toute sortes de reproductibilités qui dépendent de cet accès, ou pas, aux données de la recherche et à leurs codes.

« The reproducibility standard is based on the fact that every computational experiment has, in theory, a detailed log of every action taken by the computer. Making these computer codes available to others provides a level of detail regarding the analysis that is greater than the analagous noncomputational experimental descriptions printed in journals using a natural language ».

L’accès aux articles de revues ou autres publications va en effet de soi, mais comment avoir accès à ces codes informatiques et aux formats de stockage des données alors qu’ils ne sont pas toujours open source ou que les codes ne sont tout simplement pas conservés? C’est ainsi qu’une revue comme « Biostatistics » (qui publie des articles dans le domaine des méthodes biostatistiques, de l’épidémiologie ou de la génomique) incite ses auteurs à proposer les codes en plus de la publication elle-même. Mais cette initiative ne reflète pas la majorité des pratiques de recherche pour lesquelles les codes ne sont pas accessibles.

Dans cet article, l’auteur propose donc d’utiliser de façon systématique des réservoirs qui existent déjà pour déposer les codes, comme GitHub (http://github.com) ou SourceForge (http://sourceforge.net), mais surtout, il propose que se développe le fait de lier des données, des métadonnées et le code informatique aux publications scientifiques, et ce quelques soient les disciplines.

Crédits photographiques: Binary par xfce


Création d’une collection sur Library Thing pour préparer les Frédoc 2013

Pour préparer les Frédoc 2013 sur les archives de la recherche, le comité de pilotage a créé une collection sur Library Thing. Il s’enrichira au fil de nos lectures. N’hésitez pas à nous signaler tout ouvrage susceptible de nous aider dans notre entreprise sur le profil « Frédoc » de Library Thing : http://www.librarything.fr/home/FREDOC

Les carnets des FREDOC 2013

Les FRéDoc sont les « Formations des réseaux de la documentation » au sein du CNRS. Elles ont pour objectif d’instaurer un échange et une réflexion autour des pratiques des professionnels de l’IST [Information scientifique et technique]dans le cadre de la mutualisation des compétences. Les FRéDoc s’adressent aux documentalistes, aux bibliothécaires et à toute personne travaillant dans le domaine de l’IST au CNRS. Elles sont aussi ouvertes aux autres organismes publics de recherche, partenaires des unités mixtes. Elles réunissent tous les deux ans, en octobre, une centaine de personnes sur quatre demi-journées. Les FRédoc 2013 porteront sur l’archivage des données de la recherche.